Jean-Paul Bouillon est ancien élève de l’École normale supérieure de la rue d’Ulm, où il est entré en 1961, et agrégé des lettres classiques. Pensionnaire de la Fondation Thiers de 1966 à 1969, il fait ensuite l’essentiel de sa carrière à l’université de Clermont-Ferrand, où il est professeur à partir de 1981. En 1979, il soutient sa thèse de doctorat d’État sur Félix Bracquemond à l’université Paris I. En 1977, il est Focillon Fellow à l’université Yale (États-Unis) et en 1982 Visiting Member à l’Institute for Advanced Study de université de Princeton. De 1985 à 1992, il est professeur invité annuellement à l’université de Montréal et, en 1991-1992, professeur suppléant à l’université de Genève. En 1994, il est élu au Conseil exécutif du Comité français d’histoire de l’art (CFHA), dont il devient vice-président en 1996 et où il reste jusqu’en 2005, membre honoraire ensuite1. En 1994 également, il entre au bureau de l’Association des professeurs d’histoire de l’art et d’archéologie (APAHAU), où il reste jusqu’en 2006. En 1999, il est élu au Conseil national des universités (CNU), pour la mandature 1999-2003 (22e section). En 2000, il est élu pour huit ans comme membre titulaire représentant la France au Comité international d’histoire de l’art et entre la même année comme membre senior à l’Institut universitaire de France, dont il devient membre honoraire au moment de sa retraite, à la fin de l’année universitaire 2009-20102. De 2001 à 2008, il est président du Conseil (« Beirat ») du Centre allemand d’histoire de l’art à Paris (Deutsche Forum für Kunstgeschichte). De 1972 à 1982, il a été conseiller artistique délégué à la création artistique pour la Région Auvergne et, de 2007 à 2011, membre de la commission des acquisitions de l’établissement public du musée d’Orsay. Il a été membre du comité de rédaction des Cahiers du musée national d’art moderne de 1987 à 1992, puis vice-directeur de la Revue de l’Art (CNRS) de 2002 à 2009, et jusqu’à cette date membre de son comité de rédaction, ensuite de son conseil scientifique. Il est également membre du Comité national de la gravure française depuis 1991.